Membre d'una família d'industrials de la xocolata, va ser un home de molta cultura i amb inquietuds intel·lectuals, aficionat a la pintura i el dibuix i al col·leccionisme de vidres antics i fotografia, tot i que la seva dedicació professional es va dirigir al negoci familiar.

Les seves inquietuds el van portar a viatjar per Andalusia, Tànger, Turquia i Egipte en els primers anys del segle XX, viatges dels quals es conserva un important repertori fotogràfic. La fotografia va ser una de les grans aficions d'aquest autor, fins al punt de participar en alguns esdeveniments internacionals.

El 1898 encarregà a l'arquitecte J. Puig i Cadafalch la reforma d'un edifici construït el 1875 a Barcelona per establir-hi la seva residència, la coneguda Casa Amatller (1898-1900; passeig de Gràcia, 41).

El 1960 la seva filla va crear l'Institut Amatller d'Art Hispànic per tal de gestionar tot el seu fons.